当院の外科専門研修プログラムでは、消化器外科だけでなく、小児外科、心臓血管外科、呼吸器外科、移植医療、外傷外科など各サブスペシャリティ領域の指導医のもと様々な経験を積みます。

ⅰ）外科（一般外科・呼吸器外科・乳腺外科）
外科だけで、年間約1200症例、血管外科や小児外科、乳腺外科を含めると2200症例の手術を行っています。外科に関していえば悪性疾患の手術が1/3、Acute Care Surgeryが1/3、胆石・ヘルニアなどの良性疾患が1/3と症例数も疾患のスペクトラムも研修に十分と考えています。
また、腎移植を行っており、移植に関する知識や技術を学ぶとともに、さらに移植専門医としてキャリアを積んでいくことも可能です。

ⅱ）心臓血管外科
年間約400症例の手術を行っています。うち、心臓・胸部大動脈が約150例、腹部大動脈・末梢血管等が250例と多彩な症例にあたることが可能です。平成22年からは毎年1名程度の後期研修医を育成しており、若手を含めたチームで診療に当たり、実践的に標準手術の経験を積むことができます。
また、植え込み型補助人工心臓の植え込み手術など新しい治療に対しても積極的に取り組んでおります。

ⅲ）小児外科
日本では救急病院に小児外科が開設されていることは少なく、小児外科医としては非常に特殊なトレーニングを積むことが可能です。外傷や腹痛患者などに対する初期評価、初期介入、画像診断を含めた診断、手術を含めた治療までを一貫して行えることを目標とします。対象疾患は、当院の小児科診療の高度化に伴い、年々、様々な分野の高度な疾患を扱うように変化しています。また、小児ではＣＴの使用が制限されるため、画像診断技術の一環としてエコーの技術習得を必須としています。
日常診療では、ほとんどの手術を腹腔鏡で行っています。術野が狭いため同じ術式でも成人よりも難易度が高くなります。ある程度以上の一般外科のトレーニング後であれば1か月程度で、低難易度（そけいヘルニア、虫垂炎など）の術者や高難易度手術（噴門形成、脾臓摘出など）の部分的な術者を経験することが可能です。年間の手術は260例程度です。

ⅳ）外傷外科　（Acute Care Surgery部門）
平成27年4月からに救命救急センター内に外傷外科を設置し、重症外傷患者の救命率向上を図るために、初療から手術・集中治療までを一貫して治療できるようになりました。
外傷診療ではチーム医療が特に重要であり、多発外傷では外傷関連各科の協力も不可欠です。外傷外科がチームマネージメントを行い、迅速かつ適切な治療戦略のもとで最適な医療を提供しています。平成29年11月から外傷専門医研修施設の認定を受け、蘇生のために行う初療室手術も年間約30例にものぼっており、重症外傷センター化を目指しています。希望すれば、外傷外科のチームに所属してAcute Care Surgery部門の修練を積むことも可能です。

ⅴ）国際医療救援（災害医療）
当院は全国に5ヶ所ある国際救援拠点病院として、延250名の要員を派遣しております。
外科領域においては、戦傷外科、災害医療などの分野において、活躍しております。救援要員として求められるのは、自己完結できる能力であり、麻酔科や整形外科、産婦人科など他領域の経験も必要とされます。また、派遣に必要とされる英語研修などの補助事業も行っております。
国内の救援にも赤十字病院として要員を派遣しており、年間6回の救護訓練を実施しています。熊本地震の際は、発災から5日間で1,397名の患者さんを受入れました。