研修指定病院としての実績は浅いが、滋賀医科大学の第二教育病院として4年前より年間を通じて5回生の臨床実習を2週間ずつ、3年前より滋賀医科大学初期研修Aプログラムの学外実習を6週間ずつ担当しており、指導医全員が臨床教育に熟知している。
当センターで研修する医師は総合診療科を希望する場合だけでなく、各診療科の専門医を目指す場合もすべて含めて、医療の基礎となる病歴聴取、診察法、基本的手技が偏ることなく一定レベル以上に到達する必要があると考えている。したがって、問診や診察を繰り返しトレーニングするため1年目は内科系診療科のみを重点に研修し、一方2年目は選択科を最大限に取り入れるプログラムとしている。ただし、内科であっても診療科により研修する内容や疾患は大きく異なるため、診療科を越えて共通に認識すべきプライマリ・ケアと救急は、2年間を通じて途切れることなく鍛える必要がある。当センターでは2年間を通して毎朝のカンファレンスに出席し内科系全ての入院患者のディスカッションに加わることでcommon diseaseはより繰り返し学習できるシステムとなっている。さらに救急も週1回（午前＋午後）の業務（指導医とともに）に携わり2年後には一人で初期対応できるレベルを目標にしている。さらに、センター内での報告会や地方会レベルでの発表を通じて、コミュニケーション能力、プレゼンテーション能力も養うことが可能である。