小児科専門コース研修開始と共に、日本小児科学会に入会し、小児科臨床研修を3年以上受けた後に専門医試験を受験します。受験準備に当たっては、受験医師1名に対して指導医2名が対応し、指導のもと30症例の症例要約を完成させます。専門医試験直前には当教室の指導医が作成したオリジナル試験を行うなど非常に手厚く指導し、当教室では毎年高い合格率を維持しております。
また、血液専門医、循環器専門医、小児循環器専門医、小児神経科専門医、てんかん認定医、小児心身医学認定医、臨床神経生理学認定医、周産期（新生児）専門医、腎臓専門医、内分泌代謝専門医、糖尿病専門医、リウマチ専門医、アレルギー専門医、がん治療認定医、がん健診認定医、臨床遺伝専門医、Basic Life Supportプロバイダー・インストラクター、Advanced Cardiac Life Supportプロバイダー・インストラクター、Pediatric Advanced Life Supportプロバイダー・インストラクター、新生児蘇生法「専門」コースインストラクター、インフェクションコントロールドクターなどが取得可能です。

後期研修プログラム概要
1)後期研修1−３年目：
　小児科専門コースは、各3ヶ月間の専門研修で構成され、基本は板橋病院と日本大学病院と連携病院で３年間かけて実施いたします。一般的な小児疾患の診療および救急医療から、高度な専門医療や研究に至るまで、3年間でほぼ全ての分野にわたる小児医療研修が可能です。2年間のプログラム終了時には、「小児の全身を診て、いかなる症状・病態に対しても対応できる」ことを目標に育成指導しております。

2)後期研修4年目以降：
　3年間小児科専攻医を履修し、多くの先生が小児科専門医試験を受験します。大学2病院または関連病院での臨床研修を行います。小児科学内でのサブスペシャリティーとしての各自の専門分野を決定します。また、各自の希望に応じて大学院海外あるいは国内留学を積極的に推進いたします。
　当教室の関連病院は、都内を中心とする各地域の公立病院の小児科と小児病院が主体で、いずれもそれぞれの地域で小児医療の中核を担う重要な病院です。これらの病院では、一般小児科、小児保健、小児救急などの医療を中心とし、さらに新生児医療などの各専門分野の充実した研修を行っています。この時期に大学院に進学し、学位を取得する体制も確立されています。平成27年から関連病院と大学との間でWeb会議を行う環境を整え、関連病院での難治症例の相談、および定期的な勉強会をWeb会議により行うことが可能になりました。

後期研修３年間の間に新生児班を３か月ローテーションします。